Исследователи Apple рассказали о модели искусственного интеллекта SimpleDesignкоторая умеет одновременно генерировать последовательности аминокислот и пространственные структуры DeepMind AlphaFold.
Источник изображения: National Institute of Allergy and Infectious Diseases / unsplash.com
Apple SimpleFold, основанная на методе сопоставления потоков (flow matching) — она генерировала трёхмерную структуру белка на основе известной последовательности аминокислот. метода в том, что процесс начинается от случайного зашумлённого состояния, и модель учится находить относительно прямой путь к конечному результату. генераторами изображений диффуизионными моделями, которые в несколько итераций удаляют шум до получения итогового результата. универсальными блоками архитектуры трансформера, который применяется в генерации текста.
Simple Fold проектировании SimpleDesign. SimpleDesign. современные системы проектирования белков включают два этапа: сначала обучается ИИ-модель для преобразования белковых структур в дискретные представления — токены. модель, которая использует эти представления для создания новых последовательностей и структур белков. аминокислот — трёхмерные координаты», опустив разложение белковых структур на токены.
Источник изображения: Apple
За основу взяли более 2 млрд пар «последовательность — структура» белка, полученных AlphaFold AlphaFold AlphaFold AlphaFold AlphaFold AlphaFold AlphaFold образцы. аминокислоты в последовательности случайным образом заменяли маскирующими токенами, а в соответствующую трёхмерную структуру добавляли шум. Степени искажения варьировались. последовательность аминокислот оставалась почти нетронутой, а структура белка сильно искажалась, это была задача на восстановление трёхмерной структуры. последовательность в значительной степени оказывалась скрыта масками, задача имела обратный характер. решать две задачи одновременно, то есть готовилась к параллельному проектированию белков.
В тестах SimpleDesign показала конкурентоспособные результаты при решении задач на проектирование белков, восстановление их структур и последовательностей аминокислот. последовательности аминокислот зачастую не уступают, а то и превосходят результаты большинства конкурирующих мультимодальных моделей. SimpleDesign пока ограничены только компьютерным — сгенерированные белки не проходили экспериментальную проверку, которая подтвердила бы их способность сворачиваться, функционировать и вести себя, как было предсказано. многообещающими.
CTRL+ENTER.